Štovanje Sv. Tome u Puli je jedan od naznačajniih duhovnih vrijednosti, tradicije i povijesti našega grada koja seže već u kasnoantičko doba kada se rimska kolonija postupno preobrazila u ranokršćansku biskupiju.

Sv. Toma apostol je zaštitnik (patron) Pule i pulske biskupije. U sklopu većeg ranokršćanskog episkopalnog kompleksa, istočno do katedrale Uznesenja Blažene djevice Marije, nalazila se paralelna crkva Sv. Tome. Arheološka istraživanja tijekom II. Svjetskog rata utvrdila su dvije ranokršćanske faze ove crkve. Prvobitno - pol. IV. st. to je bila jednostavna jednobrodna dvorana, a početkom V. stoljeća produžena je na začelju gdje je dograđeno polukružno svetište.  Na dijelu današnjeg župnog dvora (odnosno portika) od ove crkve su očuvani svega manji dijelovi podnog višebojnog mozaika i mramorni ulomci - dijelovi tranzena oltarne pregrade. (danas u AMI).

Godine 1860. na području svetišta pronađen je oltarni grob sa pohranjenim relikvijarima (danas u Beču – Kunsthistorischen Museum), srebreni sa prikazima Krista i apostola (V. st.) i manji, zlatni (VI. st.) sa stiliziranim vegetabilnim ukrasima za kojega se smatra da je sadržavao relikviju patrona Sv. Tome apostola.

Crkva Sv. Tome je vjerski bila još izrazitije korištena u razdoblju obnove same Katedrale (XV. i XVI. st.), ali je već 1580. godine ona je zapuštena i ruševna. U potpunosti je napuštena 1657. godine, a njeni skromni arhitektonski ostaci bili su vidljivi još 1812. godine. (Željko Ujčić, voditelj Srednjovjekovne zbirke Arheološkog muzeja Istre)